У котят калицивирусная инфекция зачастую имеет неблагоприятное течение и, к тому же, осложняется развитием вторичных бактериальных инфекций, вызывающих гастроэнтериты, бронхиты и бронхопневмонии. Подобное наблюдают в основном у котят возрастом 1-3 месяцев, когда у них заканчивается колостральный иммунитет.
А подострое течение характеризуется замедленным развитием описанных выше клинических признаков и наблюдается в основном у ослабленных, истощенных животных. Заболевание продолжается обычно 2-4 недели и, в случае иммунодепрессивных состояний, может переходить в хроническую форму.
Хроническое течение болезни, как и при герпес-вирусной инфекции, наблюдется в основном при развитии вторичных бактериальных инфекций. Данная форма представляет опасность ввиду того, что больные животные являются длительными вирусоносителями.
В связи с многообразием клинических признаков разных форм инфекционных респираторных болезней кошек точный диагноз можно установить только на основании лабораторных исследований. В данном случае необходимо выделить основной возбудитель болезни (определить ведущий этиологический фактор), так как это имеет принципиальное значение для дальнейшей разработки эффективных мер терапии и профилактики болезни.
Прогноз зависит от вида возбудителя, его вирулентности, состояния иммунной системы животного и формы течения болезни. При сверхостром течении прогноз обычно летальный, при остром и подостром течении — благоприятный или неблагоприятный, в случае развития смешанных инфекций прогноз — нередко летальный. При хронической форме длительный прогноз, как правило, бывает неблагоприятным. Летальный исход при остром течении герпес-вирусной инфекции у котят составляет порядка 20-30%, а при кацивирусной инфекции — до 30%.