Если в начале, сразу с появлением щенка все было хорошо в их отношениях, а потом что-то изменилось, то возможно котенок стал ревновать? Вот только паника, возникающая у котенка, когда щенок входит, как Вы пишите, это немного смущает. Получается, что кошечка его стала бояться по непонятным причинам.
Ваши старания улучшить их отношения конечно бессмысленны, тут Вы точно ничем помочь не сможете, они сами должны разобраться и уверена разберутся. Просто настал такой период в отношениях, перерастут наверняка. Щенок обижать кошку не будет, это точно. Главное, чтобы она не проявила характер и излишнюю драчливость. Возможно сейчас ее смущает быстрый рост щенка? Ничего, привыкнет)))