Кот всегда будет протестовать, если ему что-то не нравится. Чтобы он не вырывался, замотайте его в полотенце (или еще способ: кот должен зайти в рукав так, чтобы из манжета высунулась голова).
К слову, фурацилин сушит слизистую, лучше промывать глазик отваром ромашки или специальными каплями (Бриллиантовые глазки).
А чем капаете после промывания? Хочу посоветовать капли Ципровет, с ними гноящиеся глазки проходят за несколько закапываний.